HYDRUS用于模拟变量饱和多孔介质下的水、热和多溶质运移的二维和三维有限元计算，参数算法，用于土壤的水压和溶质运移参数的逆向估计。该模型互动的图形界面，可进行数据前处理、结构化和非结构化的有限元网格生成以及结果的图形展示。
HYDRUS一共五个版本，用户可以选择适合自己的版本。用户可以选择局限于功能的二维应用(2D-Standard版本，与之前含有MeshGen-2D的Hydrus-2D功能)或者二维和三维应用(如3D-Standard或3D-Professional)。用户也可以选择相对的(二维直角几何图形—3D-Lite,与之前不含MeshGen-2D的Hydrus-2D功能)或三维的几何立体图形–3D-Lite)或更复杂的几何图形(用于普通二维几何图形的2D-Standard或在二维基础上以及分层三维的3D-Standard，以及用于普通三维几何图形的3D-Professional)。用户也可以选择从低版本到高版本。
标准计算模型
HYDRUS是模拟变量饱和多孔介质下的水、热和多溶质二维和三维运动的有限元计算模型。HYDRUS数值求解饱和非饱和水流的Richards方程和热传递和溶质运移的对流扩散型方程。
水流方程包含一个下沉期，可导致植物根系吸水。热传递方程考虑了水流传导和对流运动。对流扩散的溶质运移方程的管理是一个很普遍的形式，固体和液态非线性非平衡反应的规定以及液体和气体的线性平衡反应。溶质运移方程还包括了零阶生产的影响、溶质的独立一级降解以及一阶衰减和生产反应，以便提供连续一级链中溶质间所需的耦合。运移模拟也会引起液相对流和扩散、气相扩散，因此次模型在液态和气态条件下可同时模拟溶质运移。目前HYDRUS（不低于）可考虑15种溶质，在单向链中耦合或溶质间独立运移。物理非平衡溶质运移由双区和双重孔隙公式引起，并把液相分成移动和不可移动区域。附着和分离理论，过滤理论，病毒、胶质和细菌运移的模拟也在其中。
HYDRUS可用来分析水质和溶质在非饱和、部分饱和或是饱和多孔介质情况下的运动。HYDRUS可由不规则边界处理水流区域，水流区域本身可能是由非均匀土壤组成具有局部各向异性任意程度。水流和运移可能发生在垂直面，也可能在水平面，具有径向对称性的垂直轴或三维区域。
模型的水流部分可以用来处理连续或时变的规定的方向和流量边界，以及由气象条件控制的边界。土壤表面边界条件在模拟从给定的流量到规定的方向类型条件期间可能会发生变化，反之亦然。它还可以通过水域饱和部分的剩余水量和不排水边界条件处理自由面边界。节点排水是由一个简单的模拟实验关系为代表。
对溶质运移来说，软件既支持连续和变化的规定浓度(Dirichlet或first-type)也支持浓度通量边界(Cauchy或third-type)。弥散张量包含分子扩散和曲折的结果反应影响。
不饱和土壤水文属性是由以下理论总结出来的，1980年的vanGenuchten、1964年的Brooks和Corey、1994年的Durner、1995年的Kosugi和修正的vanGenuchten的型解析函数。这些修正内容对接近饱和状态的水利属性做了进一步的描述。HYDRUS软件包含了由1983年Scottetal.以及1987年Kool和Parker引进的结合实证模拟的滞变。
这个模型假定干燥扫描曲线是从主要干燥曲线衍生而来的，湿润扫描曲线是从主要湿润曲线衍生而来的。HYDRUS还包括1991年的Lenhardetal.和1992年Lenhard和Parker的滞变模型，它通过跟踪历史逆转点从而泵。HYDRUS在给定的土壤环境下可实行缩放过程已达到近似液压变化，通过一组线性标度变化工具，涉及个别土壤水力与参考土壤的关系。
使用应用到三角元素网络中的Galerkin的线性有限元方法来求解控制方程。饱和和不饱和的状态是通过有限差分格式实现的。结果方程是以迭代方式求解的，通过线性化和随后的高斯消元法对带状矩阵、对称矩阵的共轭梯度法或不对称矩阵正交小化方法。额外的措施来提高瞬态问题的求解效率，自动时间步调整和Courant和Peclet数字不预设水平。使用1990年Celiaetal.提出的质量守恒法来评估水的含量。减少数值振荡上行重量作为求解运移方程的选项在里面。
此外，HYDRUS可执行Marquardt-Levenberg类型参数估计技术为选定的土壤进行水力逆估计或溶质运移以及测量瞬态或稳态流和运移数据(在2D版本中)。此过程允许估计几个未知的参数，如观察到的水含量、压头、浓度或瞬时或累积边界通量(如渗透或流出数据)。额外的保留或水力传导率数据以及约束的参数补偿函数，约束的参数保持在可行域(贝叶斯估计)，可包含在参数估计过程中。
一个新的模块模拟地下水流人工湿地的生化转化和降解过程，此模块是为HYDRUS的二维应用开发的(2005年的Langergraber和Simunek，2009年的Langergraberetal)。
这个模块认为大量的物理、化学和生物过程活跃在湿地，生物化学降解和转化过程三组分的有机物质(易降解、慢慢可生物降解和惰性)，四氮的化合物(铵、亚硝酸盐、硝酸盐、和双氮)、无机磷、异养和自养微生物,溶氧和/或硫，他们同时活跃而且相互影响。
附加模块
UNSATCHem模块主要是用来模拟运移和主要离子的反应。UNSATCHEM模块模拟变饱和多孔介质中主要离子的运移(如钙、镁、钠、钾、SO4、碳酸气和Cl)，主要离子平衡和非平衡化学反应动力学。生成的代码可用于预测土壤在瞬变流动中的主要离子化学、水和溶质通量。
Wetlands模块是用来模拟人工湿地反应的。人工湿地水处理系统的设计能自然环境中发现的处理过程。HYDRUS湿地模块包括两个biokinetic模型公式。而在原始湿地CW2D模块中，考虑到了有机物、氮和磷需氧和缺氧的转换和降解过程，以及对新的CWM1模块中需氧、缺氧和厌氧过程的有机物，氮和硫的考虑。
DualPerm模块(2.02版本及以上)用于模拟双渗透多孔介质中二维可变饱和水运动和溶质运移，即优先和非平衡水分和溶质运移。
C-Ride模块(2.02版本及以上)用于模拟经常发生的强烈吸附污染物的二维胶体的溶质运移，(如如重金属、放射性核素、制药、农药、炸药)，主要与固相关联，通常认为它们是静止不动的，但也可以吸附移动胶体粒子(例如微生物、腐殖物质、悬浮粘土颗粒和金属氧化物),可以作为污染物的载体，从而为这些污染物提供的运移途径。
HP2模块(2.02版本及以上)综合了HYDRUS(其二维部分)与PHREEQC地球化学代码[1999年的Parkhurst和Appelo]开发了这个新综合仿真工具(HP2—HYDRUS-PHREEQC-2D缩写)，主要是区别于的一维模块HP1。这个模块可以考虑混合平衡/动力生物地球化学反应。
HYPAR是标准二维和三维HYDRUS计算模块的并行版本。(h2d_calc.exe and h3d_calc.exe)
HYPAR使用并行计算工具和技术来利用多核以及多处理器计算机的优势并且加快耗时的模拟,尤其是那些需要大量的有限元素
Slope Classic附加模块的目的主要用于堤防的检查,水坝,削减地球和固定挡板结构。水的影响建模使用孔隙压力的分布,这是进口自动从水蛇座指定时间的结果。每个时间步的水分布可以分别进行分析。
SLOPE Cube(Slope Stress and Stability)附件模块是由科罗拉多矿业大学的Ning Lu博士合作开发的。它使用的应力方法饱和和不饱和的条件。这个模块的目的是用来预测infiltration-induced滑坡启动和开展variably-saturated土壤条件下的边坡分析。
图形用户界面
一个基于微软Windows图形用户界面(GUI)管理的运行HYDRUS的输出需求，以及网格设计和编辑、参数配置、问题执行和结果可视化。HYDRUS还包括一组控件，允许用户创建流和运移模型，并对运行中的图形进行分析。使用空间和横截面查看和线图来检查输入和输出。HYDRUS图形用户界面的主程序单元定义了系统整体的计算环境。这个主模块控制程序的执行并确定哪些可选的工具是必要的。该模块还包含一个项目管理器和两个预处理和后处理单元。预处理单元包括所必要的参数规格,如成功运行HYDRUSFORTRAN语言代码、相对简单的矩形和六面体传输域的网格生成器、用于非结构化有限元网格的复杂二维和三维域的网格生成器、一个小目录的土壤水力属性和从土壤结构数据的RosettaLite程序生成土壤水力属性。
自动生成有限元网格
数据预处理涉及二维流动区域规范，具有任意形状连续的折线、圆弧、样条函数、域边界的离散化和非结构化的有限元网格的下一个版本。HYDRUS(标准版)带有可选的网格生成程序，Meshgen可以生成非结构化有限元网格的二维域。HYDRUS基于Delaunay推论，已经被集成到HYDRUS环境里了。在没有Meshgen程序的情况下，HYDRUSGUI提供了简单的、结构化网格的自动构建选项(Lite版本)。三维版本是在Lite和Standard版本下添加了指定的相同或不同厚度的层数。HYDRUS3D Pro版有三维网格生成程序(GENEX和T3D)，为通用三维域生成非结构化有限元网格。
后处理
输出图形水含量、流速、浓度、温度在空间或横断面视图的2D等高线(等值线或彩色光谱)。图形输出还包括速度矢量图、彩色边缘、颜色的点、连续的时间步的图形显示和动画以及选定的边界或内部截面线图。用户可以将感兴趣的区域缩放，横截面视图的垂直刻度也可以放大。网格还可以展示边界和编号的三角形、边缘和点。观察点可以添加到网格的地方。网格和/或空间分布结果(压力头、水含量、速度、浓度和温度)的视图都使用高分辨率彩色或灰阶值。界面还包括一个内容丰富的在线帮助菜单。
域和有限元网格区域
为了简化复杂的运移几何图形的工作，这些图形可以划分为的部分称为Section。这些的部分可以在视图窗口中显示，而剩下的部分被隐藏。一共有两种类型的Section：基于几何对象的和基于有限元网格的。可以同时显示多个section。使用命令可以切断和隐藏要的运移区域部分。
系统需求
操作系统：Windows 10（32位或64位）、Windows 8（32位或64位）、Windows 7（32位或64位）
2GHzX86CPU
2GBRAM
10GB的硬盘空间，500MB的安装空间
分辨率1280x800像素的图形卡
系统配置
使用HYDRUS计算3D模型，建议系统配置为：
操作系统Windows 10（64位）
4核或以上，单核性能比核数
16GB或以上
500GB硬盘空间
分辨率为1920×1200或以上，具有OpenGL的良好图形卡-ATI/NVIDIA
